在國家能源局機構(gòu)重組、職能轉(zhuǎn)變的大趨勢下，其內(nèi)設(shè)機構(gòu)職能交叉的問題也納入統(tǒng)籌考慮范疇。
　　
　　據(jù)知情人士透露，能源局內(nèi)部對煤層氣行業(yè)管理可能出現(xiàn)調(diào)整，行業(yè)管理權(quán)限或由煤炭司轉(zhuǎn)移至油氣司。
　　
　　按照當前機構(gòu)職責(zé)劃分，能源局煤炭司負責(zé)煤層氣（煤礦瓦斯）管理，并承擔煤礦瓦斯防治部際協(xié)調(diào)領(lǐng)導(dǎo)小組的具體工作，協(xié)調(diào)有關(guān)部門開展煤層氣開發(fā)、煤礦瓦斯治理和利用工作。
　　
　　而石油天然氣司負責(zé)管理石油、天然氣項目規(guī)劃布局，以及對管道項目、油氣對外合作區(qū)塊的審核。這些油氣項目不包括煤層氣在內(nèi)。
　　
　　煤層氣企業(yè)人士認為，煤炭司側(cè)重煤炭項目管理，用管理煤炭的思路發(fā)展煤層氣。目前，我國煤層氣距離商業(yè)化還有很大距離，煤炭與煤層氣伴生，二者之間存在的礦權(quán)重疊問題一直沒有得到較好解決，影響行業(yè)發(fā)展。
　　
　　全國煤礦瓦斯防治部際協(xié)調(diào)領(lǐng)導(dǎo)小組第十次會議數(shù)據(jù)顯示，2012年煤層氣（煤礦瓦斯）抽采量141億立方米、利用量58億立方米，而原先的既定目標分別是抽采量155億立方米，利用量80億立方米。
　　
　　由于煤層氣開發(fā)從煤炭治理角度出發(fā)，煤礦井下瓦斯抽采增長速度和規(guī)模一直高于地面煤層氣抽采。2012年官方數(shù)據(jù)井下瓦斯抽采量114億立方米，地面煤層氣產(chǎn)量27億立方米。